藓植物门包括苔纲（Hepaticae）、藓纲（Musci）和角苔纲（Anthocerotae）。

苔纲 Hepaticae

苔藓植物门的1纲，包括除角苔纲外所有有茎与叶分化的苔类和叶状体苔类植物，简称苔类。原丝体不发育。通常只产生单个植物体。配子体有茎与叶的分化，茎不具中轴，叶多为单细胞层，无中肋，或配子体为叶状，由多层细胞所组成，部分属种具中肋，腹面多数着生鳞片。假根单细胞，蒴柄延伸在孢蒴成熟之后。颈卵器壁不形成分离的蒴帽。孢蒴成熟后多数纵长开裂，无蒴齿，不育细胞多形成弹丝。染色体数多为=8,9,10及它们的衍生数。

藓纲Musci

该纲植物有茎与叶的分化。茎直立，稀少分枝，或匍匐而不规则分枝或羽状分枝，组织上仅有中轴与皮部的初步分化。叶呈辐射状排列，多具中肋。叶细胞多边形、方形、六角形或线形，胞壁等厚或不规则加厚、平滑、具疣或乳头。假根由多细胞构成。孢蒴具蒴轴、蒴齿和蒴盖，无弹丝。原丝体发达，1个孢子形成的原丝体上可产生多个配子体。蒴柄延伸多在孢蒴成熟之前。孢蒴顶部有断裂的颈卵器壁形成的蒴帽。孢蒴成熟后多盖裂，多数具蒴齿。组织构造较苔类植物为坚挺。雌雄同株式异株，或雌雄混生同苞。染色体数多为n=6，7，8，9，10，11，13及其二倍体或三倍体。

角苔纲Anthocerotae

该类植物叶状体多呈圆形，边缘浅裂，直径多1～3厘米。叶状体细胞近于六角形；每个表皮细胞内含一个大形、圆盘状的叶绿体，少数属种表皮细胞含2～3个大形叶绿体；精子器和颈卵器着生叶状体上表皮下的组织内。孢子体无蒴柄，孢蒴1至数厘米，具气孔，中间为不育的圆柱状组织称蒴轴，稀缺失。具有假弹丝与孢子混生。